再発時には化学療法を中心とした集学的治療を行います。
片側の卵巣原発の場合に、反対側に再発したり、新生児期の良性仙尾部胚細胞腫瘍が悪性となって局所(最初のがんと同じ場所あるいはごく近く)や遠隔再発(最初のがんの発生場所から離れている器官または組織に転移)したりすることもあります。
仙尾部に再発した場合は、再手術と化学療法を行いますが、追加の放射線治療をする場合もあります。
また、未熟奇形腫などの腫瘍が化学療法後に良性の成熟奇形腫として増大し、胸腔内や腹腔内を占拠したりするGrowing teratoma症候群(GTS:growing teratoma syndrome)も知られています。
再発部位、組織型などによりそれぞれで状態が異なるため、病状に応じてその後の治療やケアについて決めていきます。